{"id":364,"date":"2020-04-10T15:57:53","date_gmt":"2020-04-10T13:57:53","guid":{"rendered":"http:\/\/calculs.univ-cotedazur.fr\/?page_id=364"},"modified":"2025-01-15T14:20:17","modified_gmt":"2025-01-15T13:20:17","slug":"creer-son-environnement-python","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/calculs.univ-cotedazur.fr\/?page_id=364","title":{"rendered":"Cr\u00e9er son environnement Miniconda (Python, R)"},"content":{"rendered":"\n<p>Nous encourageons vivement les utilisateurs \u00e0 cr\u00e9er leur propre environnement Python avec la distribution Miniconda plut\u00f4t que d&rsquo;utiliser les distributions Python centralis\u00e9es disponibles avec les modules du cluster. Vous pouvez ainsi travailler avec les derni\u00e8res mises \u00e0 jour plus rapidement, obtenir des am\u00e9liorations de performances et \u00e9viter d&rsquo;\u00e9ventuelles incompatibilit\u00e9s entre diff\u00e9rents modules.<\/p>\n\n\n\n<p>Avec Miniconda, vous pouvez cr\u00e9er votre propre environnement Python ou R et y installer les packages dont vous avez besoin. Vous pouvez m\u00eame r\u00e9p\u00e9ter l&rsquo;op\u00e9ration pour diff\u00e9rents projets et ainsi avoir un environnement propre \u00e0 chacun. <\/p>\n\n\n\n<p>Miniconda est une version minimaliste de Anaconda et embarque un Python de base ainsi que le gestionnaire de packages Conda. Vous pouvez ensuite installer des packages suppl\u00e9mentaires en suivant la proc\u00e9dure ci-dessous.<\/p>\n\n\n\n<div id=\"ez-toc-container\" class=\"ez-toc-v2_0_11 counter-hierarchy counter-decimal ez-toc-grey\">\n<nav><ul class=\"ez-toc-list ez-toc-list-level-1\"><li class=\"ez-toc-page-1 ez-toc-heading-level-3\"><a class=\"ez-toc-link ez-toc-heading-1\" href=\"https:\/\/calculs.univ-cotedazur.fr\/?page_id=364#Prerequis\" title=\"Pr\u00e9-requis\">Pr\u00e9-requis<\/a><\/li><li class=\"ez-toc-page-1 ez-toc-heading-level-3\"><a class=\"ez-toc-link ez-toc-heading-2\" href=\"https:\/\/calculs.univ-cotedazur.fr\/?page_id=364#Creer_l%E2%80%99environnement\" title=\"Cr\u00e9er l&rsquo;environnement\">Cr\u00e9er l&rsquo;environnement<\/a><\/li><li class=\"ez-toc-page-1 ez-toc-heading-level-3\"><a class=\"ez-toc-link ez-toc-heading-3\" href=\"https:\/\/calculs.univ-cotedazur.fr\/?page_id=364#Activer_son_environnement\" title=\"Activer son environnement\">Activer son environnement<\/a><\/li><li class=\"ez-toc-page-1 ez-toc-heading-level-3\"><a class=\"ez-toc-link ez-toc-heading-4\" href=\"https:\/\/calculs.univ-cotedazur.fr\/?page_id=364#Ajouter_un_package\" title=\"Ajouter un package\">Ajouter un package<\/a><\/li><li class=\"ez-toc-page-1 ez-toc-heading-level-3\"><a class=\"ez-toc-link ez-toc-heading-5\" href=\"https:\/\/calculs.univ-cotedazur.fr\/?page_id=364#Installer_des_packages_R\" title=\"Installer des packages R\">Installer des packages R<\/a><\/li><li class=\"ez-toc-page-1 ez-toc-heading-level-3\"><a class=\"ez-toc-link ez-toc-heading-6\" href=\"https:\/\/calculs.univ-cotedazur.fr\/?page_id=364#Lister_vos_environnements\" title=\"Lister vos environnements\">Lister vos environnements<\/a><\/li><li class=\"ez-toc-page-1 ez-toc-heading-level-3\"><a class=\"ez-toc-link ez-toc-heading-7\" href=\"https:\/\/calculs.univ-cotedazur.fr\/?page_id=364#Desactiver_son_environnement\" title=\"D\u00e9sactiver son environnement\">D\u00e9sactiver son environnement<\/a><\/li><li class=\"ez-toc-page-1 ez-toc-heading-level-3\"><a class=\"ez-toc-link ez-toc-heading-8\" href=\"https:\/\/calculs.univ-cotedazur.fr\/?page_id=364#Supprimer_un_environnement\" title=\"Supprimer un environnement\">Supprimer un environnement<\/a><\/li><li class=\"ez-toc-page-1 ez-toc-heading-level-3\"><a class=\"ez-toc-link ez-toc-heading-9\" href=\"https:\/\/calculs.univ-cotedazur.fr\/?page_id=364#Exemple_de_job\" title=\"Exemple de job\">Exemple de job<\/a><\/li><\/ul><\/nav><\/div>\n<h3><span class=\"ez-toc-section\" id=\"Prerequis\"><\/span>Pr\u00e9-requis<span class=\"ez-toc-section-end\"><\/span><\/h3>\n\n\n\n<p>Pour utiliser les commandes de miniconda, il vous faut tout d&rsquo;abord charger le module miniconda sur le n\u0153ud de login :<\/p>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-verse\">module load miniconda<\/pre>\n\n\n\n<h3><span class=\"ez-toc-section\" id=\"Creer_l%E2%80%99environnement\"><\/span>Cr\u00e9er l&rsquo;environnement<span class=\"ez-toc-section-end\"><\/span><\/h3>\n\n\n\n<p>Cr\u00e9ez l&rsquo;environnement en lui donnant un nom (ici <em>my_env<\/em>) et en choisissant sa version de Python (ici 3.7) :<\/p>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-verse\">conda create python=3.7 --prefix \/workspace\/$USER\/my_env<\/pre>\n\n\n\n<p>Vous pouvez aussi sp\u00e9cifier un autre emplacement. Par exemple pour partager un environnement avec les autres utilisateurs de votre projet, vous pouvez l&rsquo;installer dans votre dossier partag\u00e9 dans \/workspace\/votre_groupe :<\/p>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-verse\"> conda create python=3.7 --prefix \/workspace\/votre_groupe\/my_env<\/pre>\n\n\n\n<h3><span class=\"ez-toc-section\" id=\"Activer_son_environnement\"><\/span>Activer son environnement<span class=\"ez-toc-section-end\"><\/span><\/h3>\n\n\n\n<p>Si votre environnement est dans \/workspace\/$USER\/my_env :<\/p>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-verse\">conda activate \/workspace\/$USER\/my_env<\/pre>\n\n\n\n<h3><span class=\"ez-toc-section\" id=\"Ajouter_un_package\"><\/span>Ajouter un package<span class=\"ez-toc-section-end\"><\/span><\/h3>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-verse\">conda install package_name<\/pre>\n\n\n\n<h3><span class=\"ez-toc-section\" id=\"Installer_des_packages_R\"><\/span>Installer des packages R<span class=\"ez-toc-section-end\"><\/span><\/h3>\n\n\n\n<p>Vous pouvez \u00e9galement installer les packages R que vous souhaitez dans votre environnement Miniconda. Pour cela, il faut d&rsquo;abord y installer R, puis les packages :<\/p>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-verse\">conda install -c r r r-essentials\nR\ninstall.packages(\"nom_du_package\", dependencies=TRUE)<\/pre>\n\n\n\n<p>Les packages seront install\u00e9s par d\u00e9faut dans \/home\/$USER\/.conda\/envs\/r_env\/lib\/R\/library<\/p>\n\n\n\n<h3><span class=\"ez-toc-section\" id=\"Lister_vos_environnements\"><\/span>Lister vos environnements<span class=\"ez-toc-section-end\"><\/span><\/h3>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-verse\">conda env list<\/pre>\n\n\n\n<p>L&rsquo;ast\u00e9risque devant l&rsquo;un des environnements list\u00e9s indique celui qui est actuellement utilis\u00e9.<\/p>\n\n\n\n<h3><span class=\"ez-toc-section\" id=\"Desactiver_son_environnement\"><\/span>D\u00e9sactiver son environnement<span class=\"ez-toc-section-end\"><\/span><\/h3>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-verse\">conda deactivate<\/pre>\n\n\n\n<h3><span class=\"ez-toc-section\" id=\"Supprimer_un_environnement\"><\/span>Supprimer un environnement<span class=\"ez-toc-section-end\"><\/span><\/h3>\n\n\n\n<p>conda env remove -p \/workspace\/$USER\/my_env<\/p>\n\n\n\n<h3><span class=\"ez-toc-section\" id=\"Exemple_de_job\"><\/span>Exemple de job<span class=\"ez-toc-section-end\"><\/span><\/h3>\n\n\n\n<p>Mettre le contenu suivant dans un fichier, nomm\u00e9 par exemple <strong>job.slurm<\/strong><\/p>\n\n\n\n<pre class=\"wp-block-verse\">#!\/bin\/sh\n#SBATCH --job-name=python_job_conda\n#SBATCH --time=0-00:03:00\n#SBATCH --account=project_name\n#SBATCH --output=my_job_output.txt\n#SBATCH --ntasks=1\n#SBATCH --partition=cpucourt\n\n module purge\n module load miniconda\n\n conda activate \/workspace\/$USER\/my_env\n python \/workspace\/$USER\/jobs\/my_code.py\n conda deactivate<\/pre>\n\n\n\n<p>Puis soumettre le job avec la commande <strong>sbatch job.slurm<\/strong> depuis login-hpc.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Nous encourageons vivement les utilisateurs \u00e0 cr\u00e9er leur propre environnement Python avec la distribution Miniconda plut\u00f4t que d&rsquo;utiliser les distributions Python centralis\u00e9es disponibles avec les modules du cluster. 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